Первыми экспонатами были черепа и кости быка, тигра и других зверей, а первым залом — лавка в якутском гостином дворе. Музей учредил Якутский областной статистический комитет 20 февраля 1887 года, под впечатлением от археологических открытий, сделанных в Якутии годом раньше; инициатором был секретарь комитета Андрей Попов. Открылся музей фактически в 1891 году, а в 1911-м занял этаж в новом двухэтажном здании, построенном специально для него, — на другом этаже поселилась библиотека.
К 1910-м годам экспозиция делилась на семь отделов: естественно-исторический, антропологический, археологический, промышленный, кустарно-промышленный, сельскохозяйственный и предметы других земель. В работе музея деятельно участвовали политические ссыльные; в 1915–1917 годах консерватором, то есть заведующим, был ссыльный большевик Губельман — Емельян Ярославский, составивший систематизированные каталоги всех коллекций. Его имя музей носит с 1924 года.
После революции упор сместился с палеонтологии и ботаники на археологию, историю и культуру народов Севера. В 1926 году музею передали здание, которое строили в 1913–1924 годах для архиерейских покоев по проекту архитектора Лешевича, — в нём музей и сегодня, и оно признано памятником истории. Экспедиции 1930-х годов заложили основу изучения якутских памятников Средневековья и Нового времени. С 1940 года музей назывался Якутским республиканским краеведческим, при нём выросли филиалы: «Большевики в якутской ссылке», нынешний дом-музей «Якутская ссылка», мемориальные дома-музеи Ярославского и Аммосова, Черкехский музей, улусные отделения. В 1978 году краеведческий музей стал объединённым — музеем истории и культуры народов Севера.
Это старейший и один из крупнейших музеев республики, и в нём стоит смотреть именно то, чего не увидеть нигде больше: быт и культуру якутов, эвенков, эвенов, юкагиров, историю ссылки и северных экспедиций. На основное здание нужно полтора-два часа; филиалы — отдельная прогулка по городу.
