Самый старый храм города стоит на склоне Военной горы, у правого берега речки Чердымовки, и помнит Хабаровку — военный пост, из которого вырос Хабаровск. Церковь возвели в 1869 году и освятили 23 июня 1870-го во имя святителя Иннокентия Иркутского. При ней было кладбище первых поселенцев поста, погребённых в 1859–1874 годах, дом причта, а после 1893 года — лечебница Александро-Ксеньевской общины; с 1899 по 1917 год работала церковно-приходская школа.
В камне храм перестроили в 1896–1898 годах по ходатайству протоиерея Успенского собора Протодиаконова и по проекту инженер-полковника Мооро и капитана Быкова. К нему были приписаны части Приамурского военного округа — штаб, топографический отдел, лазарет, склады, — отсюда и Военная гора.
В 1931 году храм закрыли, здание отдали под хозяйственные нужды, кладбище стали планомерно уничтожать; лишь некоторые могилы родные успели перенести на городское кладбище. С 1964 по 1992 год здесь работал Хабаровский планетарий, и вход в него устроили через алтарь. Возрождение началось в 1991-м, в октябре 1992 года здание вернули церкви, в 1993-м возобновилась просветительская работа. 28 августа 2004 года у алтарной стены епископ Марк освятил каменный поклонный крест на месте погребения первых жителей Хабаровска; надпись на нём говорит, что поставлен он попечением Виктора Лопатюка, генерального директора артели старателей «Амур».
Храм действует; настоятель — иеромонах Софроний. Стоит он в нескольких минутах от набережной и утёса, в стороне от парадных улиц, и приходить сюда лучше именно после них — чтобы увидеть, с чего город начинался, а не чем он стал.
