Этот храм пережил три попытки взорвать его. В 1950-х годах здание взрывали трижды и остановились только потому, что от взрывов пошли трещины по соседним домам; алтарь, паперть и колокольня к тому времени были разрушены.
История же начинается с гарнизона. Первый деревянный храм Владимирской иконы Божией Матери для Кронштадтского гарнизонного полка построили в 1730–1735 годах; в 1753-м на пожертвования устроили новый, на углу Владимирской и Михайловской улиц, к 1798 году он обветшал, и в 1801-м на том же месте поставили ещё одну деревянную церковь на пятьсот человек — на средства полка и других команд сухопутного ведомства, с часовней за алтарём. Часовня сгорела в ночь на 10 июля 1826 года, сам храм — в ночь на 21 октября 1874-го. На его месте поставили временную деревянную церковь, а разобранный потом материал пошёл на Мариинский приют для вдов и сирот военно-морского духовенства.
Каменный собор появился потому, что деревянная церковь стала мала гарнизону в четыре с половиной тысячи нижних чинов. Военный губернатор вице-адмирал Казакевич подал прошение, разрешение получено 21 декабря 1872 года. Место рядом с церковным купили у купца Ильина за 7050 рублей серебром. Проект — Давида Гримма, руководил постройкой академик архитектуры Христиан Грейфан; закладка 8 мая 1875 года, вчерне храм окончен в 1879-м, отделка — к 1882-му, всё на казённые деньги, 201 687 рублей. Освятил его главный священник армии и флота протоиерей Пётр Покровский 24 февраля 1880 года. Нижний придел иконы «Утоли моя печали» освящён в 1888 году, правый придел верхнего храма во имя блаженного Николая Кочанова — в 1908-м, придел Казанской иконы — в 1919-м. Статус собора гарнизонная церковь получила приказом по Военному ведомству 7 сентября 1902 года.
Закрыли собор 16 февраля 1931 года и переоборудовали под склад; в войну здание сильно пострадало, потом были те самые взрывы. Сегодня храм действует, приход входит в Кронштадтское благочиние Санкт-Петербургской епархии.
Стоит собор в северной части исторического центра, на Владимирской улице. Снаружи видно, что здание собирали заново после утрат, — и в этом его особенность рядом с целым и парадным Морским собором на Якорной площади.
